一般的に、野菜の栽培を行う前には元肥（もとごえ）と言い、栽培を行う上で基盤となる、 ゆっくり長く効く肥料を畑に蒔きます。石井農園では、堆肥に「なたね粕」や「米ぬか」など有機質資材をブレンドした自家製堆肥を作成し使用したり、 肥料会社と研究を重ね、糖度の高い果物、みずみずしい野菜が作れる有機質肥料を使用しています。

   農業には、『苗半作、七部作』という言葉があります。
これは、苗作りが作物のその後の生育の50〜70％を決定するという意味で、作物を育てる上で苗作りの比重が極めて大きいという意味の言葉です。 石井農園では、健全な苗を育てるために落ち葉や稲わらを土に混ぜて栄養分が豊富な、苗作り用の土を使用し苗を育てています。
   栄養分が豊富なので、毎年カブトムシが卵を産みに来ます。