分子モデリング研究所
当サイトでは,Linux および Windows 上で分子のモデリングや分子構造の解析をおこなうためのソフトウェアを研究開発しています.
現在は,分子モデリングソフトウェア Builcule を公開しています.
プログラミングには,オープンソースのフリーソフトを利用しています.
また,web 上には化学・生物(に限りませんが)研究用のフリーソフトが多数公開されており,これらを組み合わせることにより,研究環境が構築できます.
これらのソフトウェアは,誰もが,手軽に,コストをかけずに利用できるものです.
当サイトでは,環境構築の手順やその利用例についても紹介しています.
NEWS
- 分子モデリングソフトウェア Builcule-2.0.2 を公開しました(2010 年 1 月 24 日)
右は,フリーソフトとして公開している分子モデリングソフトウェア Builcule の実行イメージです.
現状,今後数ヶ月程度の予定等
(最終更新日 : 2010 年 1 月 23 日)
- Builcule の基本的な機能を利用した新規ソフトウェアの開発を開始します.
- 作業環境の Debian GNU/Linux squeeze への移行に伴い,サイトをアップデートします(2010 年 3 月 以降になりそうです).
サイトマップ
プログラミング
ソフトウェアを開発するコーナーです.
分子モデリングソフトウェア Builcule をフリーソフトとして公開しています.
また,勉強した内容を,現在私が利用している Debian GNU/Linux 5.0「lenny」上で動作確認して,チュートリアルという形にまとめて紹介しています.
- 分子モデリングソフトウェア Builcule(フリーソフト)
- Gtkmm / C++ による分子ビューワの開発(チュートリアル)
- タンパク質情報のデータベース化(チュートリアル)
環境構築
以下は,プログラミング環境をインストールしたときの記録です.
OS を明記していないものは,Debian GNU/Linux 5.0「lenny」 上で動作確認しました.
- GNU C++ コンパイラのインストール
- Gtkmm のインストール
- MySQL5 のインストール
- Apache2 のインストール
- PHP5 のインストール
- Windows 上でのプログラミング環境構築例
以下は,化学・生物系ソフトの使用法を勉強したときの記録です.
動作は,Debian GNU/Linux 5.0「lenny」 上で確認しました.
実践分子モデリング
このサイトで構築した環境を利用したり,作成したソフトウェアを使って,情報を収集したり分子のモデリングや構造解析をおこなったときの記録です.
- 時のタンパク質 : web 上でニュース記事として配信されたタンパク質をホモロジーモデリングしました
- Kunitz family のモデリングと構造解析 : タンパク質の分子力学・動力学計算を勉強したときの記録です
このサイトについて
このサイトは個人が運営しているものです.法人や任意団体を含め,いかなる組織とも関係ありません.
下の情報は,文字ではなく画像です(申し訳ありませんが,迷惑メールが少しでも減るかと思い・・・).