p90rsk
ニュース記事から : 未受精卵の分裂停止を司るタンパク質 Erp を、リン酸化することで活性を高める。
文献 : Nishiyama T, et al, Nature. 2007 Apr 26;446(7139):1096-9. Epub 2007 Apr 4. Phosphorylation of Erp1 by p90rsk is required for cytostatic factor arrest in Xenopus laevis eggs.
一次構造
NCBI から入手したヒト p90rsk 2 の一次構造を下に示します。
>gi|90110031|sp|Q15349.2|KS6A2_HUMAN Ribosomal protein S6 kinase alpha-2 (S6K-alpha 2) (90 kDa ribosomal protein S6 kinase 2) (p90-RSK 2) (Ribosomal S6 kinase 3) (RSK-3) (pp90RSK3) (MAP kinase-activated protein kinase 1c) (MAPKAPK1C)
MDLSMKKFAVRRFFSVYLRRKSRSKSSSLSRLEEEGVVKEIDISHHVKEGFEKADPSQFELLKVLGQGSY
GKVFLVRKVKGSDAGQLYAMKVLKKATLKVRDRVRSKMERDILAEVNHPFIVKLHYAFQTEGKLYLILDF
LRGGDLFTRLSKEVMFTEEDVKFYLAELALALDHLHSLGIIYRDLKPENILLDEEGHIKITDFGLSKEAI
DHDKRAYSFCGTIEYMAPEVVNRRGHTQSADWWSFGVLMFEMLTGSLPFQGKDRKETMALILKAKLGMPQ
FLSGEAQSLLRALFKRNPCNRLGAGIDGVEEIKRHPFFVTIDWNTLYRKEIKPPFKPAVGRPEDTFHFDP
EFTARTPTDSPGVPPSANAHHLFRGFSFVASSLIQEPSQQDLHKVPVHPIVQQLHGNNIHFTDGYEIKED
IGVGSYSVCKRCVHKATDTEYAVKIIDKSKRDPSEEIEILLRYGQHPNIITLKDVYDDGKFVYLVMELMR
GGELLDRILRQRYFSEREASDVLCTITKTMDYLHSQGVVHRDLKPSNILYRDESGSPESIRVCDFGFAKQ
LRAGNGLLMTPCYTANFVAPEVLKRQGYDAACDIWSLGILLYTMLAGFTPFANGPDDTPEEILARIGSGK
YALSGGNWDSISDAAKDVVSKMLHVDPHQRLTAMQVLKHPWVVNREYLSPNQLSRQDVHLVKGAMAATYF
ALNRTPQAPRLEPVLSSNLAQRRGMKRLTSTRL
Prosite パタン
上記一次構造に対して Motif 検索をおこなったところ、以下の Prosite パタンがヒットしました。
| Prosite ID | Description | Sequence |
|---|---|---|
| PROTEIN_KINASE_ST (PS00108) | Serine/Threonine protein kinases active-site signature. | I(180)IYRDLKPENILL(192) V(528)VHRDLKPSNILY(540) |
| PROTEIN_KINASE_ATP (PS00107) | Protein kinases ATP-binding region signature. | L(65)GQGSYGKVFLVRKVKGSDAGQLYAMK(91) I(421)GVGSYSVCKRCVHKATDTEYAVK(444) |
三次構造モデル
上記一次構造に対するホモロジーモデリングのテンプレートは、Swiss-PDB Viewer で検索しました。ヒットしたタンパク質から、下に記す構造をもとに、Swiss-PDB Viewer の "Magic Fit" 機能でホモロジーモデリングをおこないました。
- 1vzo : THE STRUCTURE OF THE N-TERMINAL KINASE DOMAIN OF MSK1 REVEALS A NOVEL AUTOINHIBITORY CONFORMATION FOR A DUAL KINASE PROTEIN
- 1o6k : STRUCTURE OF ACTIVATED FORM OF PKB KINASE DOMAIN S474D WITGSK3 PEPTIDE AND AMP-PNP
1vzo は、ポリペプチド鎖のテンプレートとしました。また、1o6k には PEPTIDE および PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER (AMP-PNP) が含まれていたので、AMP-PNP をモデルに取り込みました。
作成したモデルには、上記一次構造の緑色で示した部分 (Asp55 - Ser382) が含まれていました。
ヒト p90rsk 2 の三次構造モデル (PDB 形式)
三次構造モデルのイメージ
右に、Rasmol で表示したハツカネズミ CCL9 の三次構造モデルを示します。
表示の様式は、以下のとおりです。
- p90rsk 2 の Prosite 領域 : Cartoon モデルで表示し、二次構造に従って着色しています
- p90rsk 2 のその他の領域 : Strand モデルで表示し、二次構造に従って着色しています
- AMP-PNP : 空間充填モデルで表示し、CPK 様式に着色しています
2 種の Prosite 領域が，AMP-PNP を挟み込むような配置となっていました．
二糖類の構造式
右に gchempaint で作成した AMP-PNP の構造式を示します。