分子モデリング研究所

[公開ソフトウェア]

下記の自作ソフトウェアを，GNU General Public License に基づくオープンソースとして公開しています．
また，Dispmole / Builcule の設計や，開発環境の構築と動作確認についても紹介しています．

• Dispmole : ファイルから元素と座標を読み取り，原子間の距離に基づいて共有結合と分子を検知し，モデルとして表示するソフトウェアです
• Builcule : Dispmole に原子の変更機能や共有結合の編集機能を追加したものです
• Paligndot : タンパク質のペアワイズアライメントとドットプロットををおこなうソフトウェアです

Builcule-4-beta-5 を公開しました（2012 年 1 月 15 日）

[水素付加] を水素以外の原子も付加可能なよう [伸長・分岐] としました．また，水素以外の原子にも[置換基接続] できるように拡張しました．
右の画像は，Builcule でミオグロビン（1MBN.pdb）を開き，ペプチドに水素付加した後，ポルフィリン近傍のアミノ酸を検知し，検知されたアミノ酸を空間充填様式で表示したものです．

Dispmole-4.0.4 を公開しました（2012 年 1 月 15 日）

Builcule の開発に伴う変更です．

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[分子モデリング]

現在は，自作ソフトウェアによる分子モデリング例の紹介のみです．

• Builcule によるモデリング例
• Dispmole Gallery
• Paligndot の使用例

右は，Builcule で作成した，α-シクロデキストリンとステアリン酸の抱接体です．

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[このサイトについて]

当面の目標

現在，研究所のコンピュータシステムを再構築中で，このサイトに関連する研究・開発は 2 月中に再開できそうです（したがって，コンテンツの実質的な更新は，それ以降になります）．
下の目標についても再検討を進めています．

• 「分子モデリング」コーナーのコンテンツの充実
• Maniptein / Builcule / Dispmole の深化
• 新規ソフトウェアの開発

Maniptein / Builcule / Dispmole の開発ステージ

タンパク質の構造を編集するための機能を，Dispmole / Builcule-3.2 系列を元にして開発しています．
現在は，Maniptein-4 の開発をおこなっています．

• Dispmole にアミノ酸とペプチドの検知機能を追加（ver. 4.0.4）
• Builcule にアミノ酸レベルの編集機能を追加（現在は beta-5 で，Maniptein の開発がある程度進むまではベータ版として熟成に努めます）
• Maniptein の再開発．Paligndot の開発で学んだアライメントアルゴリズムの活用（公開を中止している Maniptein の ver. 4 からの再開）

当サイトについて

• 筆者は研究者（職業研究者，か）でも教育関係者でもプログラマでもありません
• このサイトのコンテンツは，在野で独学で自己資本で作成しているもので，査読を受けたものではありません
• いつかどなたかのお役に立てればと考え，公開とアップデートをしているノートのようなものです
• 当サイトで言う「分子モデリング研究所」は法人ではありません

下の情報は文字ではなく画像にしています．