分子モデリング
自作ソフトウェアによる分子モデリング例，自作ソフトを多少変更して測定した結果を紹介しています．
なお，Dispmole シリーズ で使っているサブユニットという言葉は，通常の分子，基質，リガンド，タンパク質のサブユニットなどを一まとめにしたこのサイト特有の表現です．
Builcule によるモデリング例
- アデノシン-1-リン酸の作成 : 基本的なモデリング方法の紹介です．[編集(_E)]-[アルカンを追加(_C)] でアルカンを作成し，ツール類を利用して分子を組み立てていきます
- グリセリドの作成 : 「領域をコピー」，「領域をカット」，および「領域を接続」機能を利用すると，種々の位置異性体を作成できます
- α-シクロデキストリンの作成 : サブユニットのコピーとペーストを利用すると，分子を複製できます．活用例として，α-シクロデキストリンを作成しています
- 酵素基質/阻害剤の編集 : 酵素の活性中心に阻害剤として存在するアスパラギン酸を基質であるホスホエノールピルビン酸に変更しました．ビューポイントスライダで拡大し，ツールボックス 2 を利用します
- キメラ複合体の作成 : 重ね合わせとマージの機能を使うと，2 個の複合体からキメラ複合体を作成できます
Dispmole Gallery
- Dispmole Gallery : トリプシン-トリプシン阻害剤複合体を素材として，Dispmole での表示，検知機能を紹介しています
Paligndot の使用例
- gankyrin の繰り返し構造を検知する : 一つのペプチドでドットプロットを作成すると，繰り返し構造等が検知できる場合があります
- ローカル，準グローバル，グローバル : これらのアライメントの差異を具体例で示しています
- protein kinase のローカルアライメント : スコアと抽出される領域をテストしたものです
タンパク質の分析例
データの出力には，Dispmole シリーズを測定値を出力するように書き換えたものを利用しています．
これらの文章は「です・ます」で書くには恥ずかしい内容なので，わざと「だ・である調」にしています．
最終更新日 : 2012 年 5 月 6 日