公開ソフトウェア
自作ソフトウェアを，GNU General Public License に基づくオープンソースとして公開しています．
また，このページの下の方では，開発環境の構築法から習作・試作，さらに，Dispmole シリーズの仕様を紹介しています．
下記のソフトのうち，Dispmole，Builcule，および Maniptein は継承関係（Maniptein→Builcule→Dispmole）にあります．
したがって，Builcule では Dispmole の全機能が，Maniptein では Builcule の全機能が利用できます．
これらを Dispmole シリーズと総称します．Dispmole シリーズは，開発コード（Builcule，Dispmole といった名前）とバージョン番号で管理しています．
Builcule
Dispmole に原子と共有結合の編集機能を追加したものです．
代表的な機能
- 棒球，空間充填，針金，針金 + 棒球，および針金 + 空間充填での表示
- 2 原子間の距離，3 原子の成す角，および 4 原子の成す二面角の測定と変更
- 視点の移動
- ユニットの回転（回転の中心を特定のサブユニットの中心とすることも可能）
- サブユニットとアミノ酸残基の検知と選択
- 原子，アミノ酸残基，およびサブユニットの近傍アミノ酸残基の検出と表示
- サブユニットの回転・移動
- 3 原子を指定することによるユニットの重ね合わせ
- 原子の変更と削除
- 共有結合の生成と切断
- 構造の伸長と分岐，置換機接続
- サブユニットの一部のコピー，カット，および別のサブユニットへの接続
- サブユニットのコピー，カット，およびペースト
- ユニットへのアルカンの追加
- アミノ残基の変異と欠失
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Dispmole
Dispmole は，分子の表示と回転が可能なソフトウェアです．ファイルから元素と座標を読み取り，原子間距離から共有結合や分子を検知するソフトウェアです．
共有結合に基づいてアミノ酸残基やシークエンスを検知する機能，分子の一部の座標を回転・移動する機能もあります．
代表的な機能
- 棒球，空間充填，針金，針金 + 棒球，および針金 + 空間充填での表示
- 2 原子間の距離，3 原子の成す角，および 4 原子の成す二面角の測定と変更
- 視点の移動
- ユニットの回転（回転の中心を特定のサブユニットの中心とすることも可能）
- サブユニットとアミノ酸残基の検知と選択
- 原子，アミノ酸残基，およびサブユニットの近傍アミノ酸残基の検出と表示
- サブユニットの回転・移動
- 3 原子を指定することによるユニットの重ね合わせ
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Paligndot
Paligndot は，ペプチドのドットプロットとペアワイズアライメントをおこなうソフトウェアです．
Paligndot の機能には，以下のようなものがあります
- FASTA 形式（単一ペプチドのみ）で記述されたペプチドを読み込みます
- アミノ酸は化学的性質によって色分けして表示します
- 読み込んだペプチドは，反転，削除，挿入，置換，および接続といった編集（およびアンドゥ）をおこなえます
- アライメントについては，ローカルアライメント，グローバルアライメント，および準グローバルアライメントが可能です
- アミノ酸置換行列として，BLOSUM62 および PAM250 を使用しています
- アライメントでは，ギャップ開始ペナルティとギャップ伸長ペナルティが設定できます
- ドットプロットでは，ウィンドウサイズ，ウィンドウ中の一致数，検出する鎖長の閾値が指定できます
- 作成したスコア行列と，検出した相同な配列の表示が可能です
- ドットプロットについては，BLOSUM62 または PAM250 で重み付けしたプロットも可能です（プロットの表示のみ）
- 作成したデータは，テキスト形式および PNG 形式の画像として保存できます
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Glifmmer
Glifmmer は，Dispmole-4.1 のコードを流用して作成した恒星系のビューワーです．
1 レコードが，名称，スペクトル分類，絶対等級，赤経，赤緯，距離（光年），および発見された惑星数からなるファイルを開いて，これらのデータを表示します．
Glifmmer は，以下のような機能を有します．
- マウスドラッグで回転することができます
- スペクトル分類に基づいて恒星を着色します
- 惑星を有する恒星を強調表示できます
- 恒星をクリックすると，色が赤紫に変わって選択状態にあることを示します（このサイトでは「ピック」と表現しています）
- ピックと同時に，その恒星の名称，スペクトル分類，絶対等級，および発見済惑星数がポップアップウィンドウで表示されます
- 恒星の名前から検索して，ピック状態にすることもできます
- ピックした 2 恒星間の距離を測定できます
- 任意の値を指定して，恒星間距離がその値以下だと，それらの恒星間に黄色の線を描画できます
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習作・試作
習作・試作という性質上，余分なコードや未完成部分を含んでいます．
- 試作 ： pre-alpha 段階の Maniptein と Paligndot が置いてあります
- 習作 ： 2012 年 上期に Dispmole シリーズと Paligndot を再コーデイングしたときの習作です．主に，GUI パーツが置いてあります
Dispmole シリーズ の仕様に関するメモ
独自仕様なので，ご参考までに公開しています．
旧バージョンのものも含まれますが，基本的には変わっていません．
開発環境の構築と動作確認
ソフトウェア開発のベースとなる開発環境の構築と動作確認をまとめたページです．
環境はオープンソースのフリーソフトで構築しています
[開発環境の構築と動作確認] に移動
関連ソフトウェア
英語版ウィキペディア Wikipedia, the free encyclopedia で，このサイトに関係ありそうなソフトウェアの一覧を掲載しているページをリストアップしました．
より完成されたソフトウェアをお求めの場合は，下のようなサイトから探すとよいかもしれません．
- Force field implementation
- List of molecular graphics systems
- List of nucleic acid simulation software
- List of protein structure prediction software
- List of quantum chemistry and solid state physics software
- List of RNA structure prediction software
- List of software for molecular mechanics modeling
- Molecular design software
- Molecular dynamics
- Molecule editor
- Molecular mechanics
- Molecular modelling
- Protein structure prediction
- Semi-empirical quantum chemistry method
- Structural bioinformatics
Dispmole シリーズを web 上の師である故 吉田弘先生（広大・理）に捧げます．開発が遅くなってしまいました．